La chiesa di San Giovanni Battista, sicuramente di origine medioevale, era definita nel 1777 antichissima, tanto che nessuno ne ricordava la costruzione e meno ancora la consacrazione; si fa solo menzione di una riedificazione ex novo alla fine del 1600; dagli studi finora effettuati risulta che i primi riferimenti a alla chiesa si trovano nei Quinque Libri e risalgono alla prima metà del 1600. È probabile che la sua costruzione in epoca medioevale fosse in relazione con l’Ordine degli Ospedalieri di San Giovanni il cui patrono era appunto San Giovanni Battista e a cui per un periodo appartenne la villa di Lodè.

La nascita dei Cavalieri dell’Ordine dell’Ospedale di San Giovanni di Gerusalemme risale al secolo XI, quando assunse la caratteristica di ordine religioso e militare, con il compito di assistere le persone che si recavano in pellegrinaggio in Terra Santa e di difendere il regno cristiano di Gerusalemme. Nel Basso Medioevo risulta che, per la Gallura Inferiore, gli ospedalieri Giovanniti fossero presenti solo nella chiesa di Lodè e di Orosei a motivo di lasciti testamentari.

Possiamo ipotizzare che il signore di Lodè, avvicinandosi il momento della morte lasciasse scritto che il suo feudo, uno dei beni materiali più preziosi che possedeva, andasse ad un ordine religioso-militare costituito da monaci-guerrieri che si erano assunti il compito di difendere e riconquistare la Terra Santa. Il lascito metteva al servizio della chiesa i propri beni materiali per fini essenzialmente spirituali. L’ordine destinava, probabilmente, i redditi del feudo lodeino al finanziamento della sua attività in Oriente e al contempo pregava per l’anima del generoso testatore per accorciare le pene inflittegli nel Purgatorio.

L’interesse che l’Ordine nutriva verso il feudo di Lodè era, probabilmente, dato dalla sua posizione geografica. Il suo territorio infatti era posto lungo due antiche direttrici romane, diverticula, che dall’interno dell’Isola (Bitti-Buddusò), anche durante il Medioevo, portavano verso la costa orientale e precisamente verso l’antico porto di Posada. Uno di questi probabilmente costeggiava il Riu Mannu posadino, passando per il territorio di Lodè, Torpè e finalmente Posada e l’altro raggiungeva “Sos Canales”, passando per Mamone, Lodè, Sant’Anna, e Siniscola-Posada. Questi itinerari corrispondevano ad uno degli interessi strettamente connessi all’attività caritatevole degli ospedalieri, quella di far fronte alle necessità dei viandanti, mercanti e pellegrini. Il controllo sulle rendite del feudo garantiva, invece, il mantenimento della loro attività nel Mediterraneo in difesa della cristianità.

Attualmente della chiesa antica, su cui si imposterà quella seicentesca, non è rimasta traccia, se si esclude la statua dedicata al Santo.

Verso la fine del 1400 non si registra per Lodè nessun tempio dedicato a San Giovanni, ciò non significa che non esistesse, ma al contrario la sua assenza dalla lista dei beni della mensa episcopale potrebbe confermare l’appartenenza ad altro ente, magari l’Ordine di Malta, come pure un probabile stato di rovina a cui si sarebbe rimediato nel 1600 con la sua ristrutturazione.

Di questo riattamento e della sua struttura rimane traccia in alcune foto dei primi decenni del XX secolo.

La chiesa aveva il presbiterio orientato ad est e la facciata, rivolta a ovest, presentava anticamente un porticato di cui rimangono le tracce sulla campata principale più antica, in cui si osservano sia la presenza di tre fori atti ad ospitare le travi di sostegno del tetto sia i segni lasciati sul muro dagli spioventi ad esso appoggiati. Al suolo, ancora visibili in foto, sono i resti di un muro rettangolare che dipartendosi dalla facciata si allungano in avanti disegnando un rettangolo della stessa larghezza della chiesa, probabilmente era ciò che rimaneva del muro del portico d’ingresso. Sul muro laterale posto a sinistra si osserva una sorta di imposta di un arco, al suolo i resti di un altro muretto che seguiva l’andamento della chiesa; è probabile che anche questo costituisse un’area porticata. La presenza di queste strutture era tipica delle chiese poste fuori dai centri abitati; lo scopo era quello di offrire riparo ai fedeli durante le feste o ai viandanti; il terreno attiguo alla chiesa veniva chiamato corte de Santu Juanne, indicando in questo modo una struttura murata che, a parte la chiesa, conteneva altri edifici probabilmente di epoca medievale.

La cappella odierna fu costruita dal canonico Marcello, all’interno di quello che era il progetto di istituzione dell’asilo parrocchiale nel 1949.

Già dal 1937 il parroco aveva istituito l’asilo infantile parrocchiale all’interno dell’antica chiesa di San Giovanni, utilizzando per la ricreazione dei bambini lo spazio adiacente anticamente recintato e di proprietà del priorato.

A reggere l’asilo furono chiamate negli anni ’60 le consacrate della congregazione religiosa denominata “Figlie di San Francesco di Sales”, il cui compito principale secondo la definizione del loro fondatore, don Carlo Cavina, era “l’educazione della gioventù”.